Chùa Hoa Nghiêm được thành lập vào năm 1987 với nhân duyên lành, là ngôi chùa đầu tiên của Giáo Hội Phật Giáo Việt nam Thống Nhất vùng Đông Nam của thành phố Melbourne (GHPGĐNM). Hòa Thượng Thích Phước Huệ và Ban Trị Sự Lâm Thời (Quý Phật Tử trong vùng) đã mua ngôi nhà số 20 Princess Avenue, Springvale làm nơi sinh hoạt tạm thời của Chùa. Thầy Thích Nhật Tồn được bổ nhiệm làm Trụ Trì Chùa Hoa Nghiêm vào cuối năm 1987.

Đến cuối năm 1990, Thầy Thích Nhật Tồn xuất dương du học Đài Loan. Thầy Thích Thiện Tâm được bổ nhiệm làm Trụ Trì Chùa Hoa Nghiêm, Kiêm Giáo Hội Trưởng GHPGĐNM.

Cuối năm 1995, Thầy Thích Thiện Tâm và Ban Trị Sự đã mua 1 lô đất, khoảng 5000 mét vuông ở 444-448 Springvale Road, vùng Springvale South - Melbourne.

Song song với công tác Phật Sự và giáo dục, Thầy đã mời Kiến Trúc Sư Lê Đình Châu thiết kế bản vẽ và xin phép xây dựng Chùa Hoa Nghiêm trên lô đất mới.

Ngày 08/11/98 Lễ đặt viên đá xây cất đầu tiên đến cuối năm 2003, công trình xây cất hoàn tất.